牙齿上有黑点的病因较多较复杂，具体如下：

1、龋坏：对于牙齿有浅龋、中龋、深龋的患者，均有可能会出现黑点，建议及时到正规医院的口腔科，或者是口腔医院的牙体牙髓病科，找专业的口腔科医生进行检查。根据性质进行相应地去龋，进行冲洗、消毒、隔湿、吹干以后，进行窝洞的充填修复等；

2、色素沉着：应该及时的进行全口洁治，进行相应的冲洗、上药等，则可以较好较快地解决此问题；

3、牙釉质发育不全、牙本质疾病：均有可能会表现为牙齿出现黑点，可能考虑进行相应的辅助治疗，包括全冠修复以及相关治疗等，根据不同患者以及个体差异，选择不同的治疗方案。