通常建议取晨尿培养，其意义在于尿液在膀胱中潴留一夜，即超过六小时，为致病菌提供繁殖机会，可提高尿液培养的阳性率。

由于尿培养病原菌是一种培养技术，实验室通常接种一定量的尿液进行基础培养。培养第二天以后，检验人员根据培养平板上生长的菌落及它的数量来判断其是否是引起尿路感染的病原菌。比如检验人员设定一个阈值，当菌落数量超过此阈值，认为其有意义，是引起尿路感染的病原菌；如果低于此阈值，认为其是尿道前端的定植菌，不是致病菌。如果病人取的是随机尿液，标本当中存在的致病菌数量不够，会导致假阴性的情况。