幽门螺杆菌阳性，目前指南中只要患者要求根除都主张根除；还有一些情况是医生建议根除，比如发现有幽门螺杆菌感染，同时有萎缩性胃炎、消化性溃疡，甚至消化道恶性肿瘤、胃癌，都建议要将其根除；还有十二指肠有炎症的患者，即使没有发展到溃疡的程度，也是积极根除幽门螺杆菌。

根除方案可以选择两种抗生素，加一种胶体果胶铋和一种质子泵抑制剂，称为四联疗法。疗程根据吹气结果决定，即越严重疗程会越长，其与医生的习惯、经验总结有一定关系。在中医院除了用规范的药物治疗以外，可能会配合以中药治疗。因为经验总结显示，用对症的中成药或中药，其中包括蒲公英等药物，对幽门螺杆菌有辅助杀灭的功效。