经颅磁刺激仪可能对有些疾病有一定效果，经颅磁刺激仪是通过外界磁场，作用于人脑中的氢离子。通过对氢离子调整，调整人体磁场，对某些疾病起到一定治疗作用。目前磁刺激对精神类疾病有治疗作用，如孤独症、自闭症、抑郁症，以及某些精神分裂症当中的阴性症状。对人格障碍以及行为障碍，磁刺激也能起到一定效果。对很多功能缺失的疾病，比如偏瘫、失语、痴呆，这种功能衰退的症状也会有一定阻止和改善作用。
目前也发现经过磁刺激之后，帕金森等老年变性病也会得到一定程度改善。但改善均不持久，可能在治疗期间会改善，但在治疗以后的一段时间内，如果不再连续进行，功能又恢复到原样。所以磁刺激有效，但也只是短暂效果，不存在长期效果。长期效果可能还需要针对不同病因，采取不同药物治疗，是比较正确的方法。
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