若蛀牙长息肉将洞盖住，可以服用甲硝唑、替硝唑等抗炎药物或奥硝唑等厌氧菌药物进行治疗，这种硝唑类的药物是专门对抗以及治疗厌氧菌感染。
还可以选择头孢类的药物，如头孢丙烯、头孢地尼、头孢呋辛以及头孢他啶等广谱抗菌的药物，可以对较多细菌进行杀灭与抑制。
蛀牙长息肉通常是由于口腔的炎症与感染所致，此时可以给予上述抗炎药物进行治疗。还主要还需进行其他治疗，如通过根管治疗，可以将息肉去除，并及时进行去龋、冲洗、消毒、隔湿吹干。
对于仅存在龋病的患者，可以进行窝洞的充填修复；若已经发展为慢性牙髓炎或根尖周炎，则必须通过根管治疗，将口内的息肉、炎症组织以及致病的病菌进行彻底的清理清除。将这些病灶清除后再进行修补，就能够将蛀牙长息肉的问题彻底根治和解决。
