试管婴儿怀双胞胎的几率远大于自然怀双胞胎的几率，试管婴儿的出现双胞胎概率在20%-30%，而自然怀孕出现双胞胎的概率在1%左右。虽然进行试管婴儿时女性怀双胞胎的概率较大，但是并不建议为怀双胞胎而进行试管婴儿，因为双胎妊娠相比单胎妊娠，胎儿以及母亲出现的合并症较多。
并且双胎可能会对胎儿发育造成一定的影响，孩子出现早产的风险远大于单胎。早产后孩子各脏器发育可能并不成熟，需转到新生儿病房进行照顾，对父母经济与心理上的负担较大。此外，在孕期双胎会加重母亲的生理负担，易导致先兆流产，而且妊娠期糖尿病、妊娠期高血压甚至胎盘早剥的发生几率也比单胎妊娠更高。目前在国际上为减少产科的并发症，较推崇进行单胚胎移植。
