小孩囊肿根据囊肿的大小、部位不同，都会出现不同症状。比如囊肿比较小，1cm以内，位置比较浅表，仔细的家长可以摸到比较柔软的囊肿。医学上的软即用手摸嘴唇，就是软的感觉，中度是摸鼻尖，硬是摸脑门，以此分辨软、硬和中度。
位于体表的比较小的囊肿，只可以摸到比较柔软的包块，此时需要小孩做B超，通过B超明确囊肿的性质及大小。在深部时，一般是在比较大的情况下，才会出现压迫症状。特别是腹腔脏器容量比较大，要达到一定的量、体积，才会出现压迫症状。也要看盆腔的位置，囊肿稍微偏大，盆腔结构比较致密，症状也会出现比较早。
在胸腔时，由于胸腔容积有限，小孩也会出现压迫症状，比如压迫肺脏会出现咳嗽，胸部不适、压迫胸膜，都可以产生各种各样的症状。
