导致自然流产的原因有很多，最主要的原因是胚胎先天发育的问题，具体的见于以下：

1、胚胎先天发育的问题：比如胚胎受精卵在受精卵形成的时候，可能出现了比较严重的染色体异常、基因疾病的异常、基因的突变等，这种状态下，其实绝大多数的胚胎都已经在早期妊娠的时候就被自然淘汰。这实际上就是在发生自然流产里面占据最多比例，大约能够占比到2/3的概率；

2、染色体异常：有很多女性在反复的出现怀孕、早期自然流产之后进行夫妻双方的染色体检查，最后可能就会发现夫妻双方之一，甚至夫妻双方都会携带有染色体异常或者基因疾病。在这种状态下，才会导致自然流产的反复发生；

3、孕早期接触不良物质：有部分胚胎的自然流产，与在怀孕早期接触了不良物质，比如毒物、农药、放射线，或者是感冒、感染病毒等有关。这样状态下，可能对早期的胚胎生长发育产生非常严重的不良影响，进而容易导致自然流产的发生；

4、女性自身疾病：也有一部分实际上由于女性可能会患有子宫肌瘤、子宫内膜的息肉、子宫的畸形，或者是女方患有风湿免疫科的疾病，如类风湿或者系统性红斑狼疮、易栓症、抗磷脂综合征等母体方面因素，也都容易导致自然流产的发生。

但是无论如何，其实每个人发生自然流产的原因不尽相同，还是需要具体情况具体分析。结合每个人的具体状况，进行综合性的检查。完善检查之后，才能够明确导致自然流产的原因。