拉肚子即腹泻。行肠镜后出现腹泻，一方面是直接的、短期内发生的原因，即洗肠液还有小部分在肠道内继续刺激肠道，可能行肠镜后短期1-2天有些许排水样泻，类似于腹泻。另一方面是洗肠进行肠道准备时，需要用到洗肠液，会短暂扰动肠腔环境，使得菌群比例和稳定度受到一定扰动。可能在短期内2-4周，会有腹泻间断发作，或大便稀、不成形，以及大便次数增多的可能。如果扰动得不重，短期后会自行修复。
但也有部分患者在行肠镜前，便有肠道易激惹综合征或肠道环境不稳定。已有菌群比例不协调的情况下，在洗肠时可能会根本逆转肠道环境，便有可能会一直腹泻，此时可能需要一定的药物干预将其逆转。
所以行肠镜后腹泻，多数正常，也有少部分是因为肠镜是有创检查，肠道内有粪便和菌，可能取活检或者创面，部分肠道菌群移位，会导致肠道继发感染或感染加重，此时也可能出现腹泻。
