消化不良处理方式如下：

1、器质性消化不良，如消化性溃疡、胆囊炎、胰腺炎、结肠炎等，应寻找病因，根据病因治疗；

2、功能性消化不良，此类患者虽无器质性病变，但患者可存在腹胀，消化不良等情况，建议从饮食上进行调整，如清淡、规律饮食，避免食用辛辣、油腻、刺激食物，而且避免进食产气过多的食物，如豆类食物以及纤维素过多的蔬菜，以免加重消化不良。药物方面可服用消化酶、益生菌，幽门螺杆菌阳性者，需积极进行药物根除治疗。