囊肿的治疗方法主要分为两种，保守观察治疗和手术治疗。根据囊肿不同的部位和性质，选择不同的治疗方法，具体如下：

1、卵巢囊肿：囊肿常见的部位就是卵巢，卵巢囊肿可以分为生理性囊肿和病理性囊肿，生理性囊肿顾名思义就是生理性，这种囊肿一般选择观察，如果观察3个月囊肿消失，说明是生理性囊肿。如果是病理性囊肿，说明观察的时间会较长，比如3个月或者0.5年，卵巢上的囊肿持续存在，而且回声不是无回声，比如出现不均值、高回声、低回声，这些都需要密切观察，并判断是否需要手术。当然在临床上结合肿瘤标记物、临床的症状，可以判断囊肿是否需要手术。对于病理性囊肿，大部分是需要做囊肿剥除术，把出现病变的囊肿剥离、正常的卵巢保留，这是主要的治疗方法；

2、宫颈囊肿：简称纳氏囊肿，如果进行宫颈癌的筛查，TCT或者HPV都没问题，这种囊肿不会引起炎症、病变，一般是观察治疗，除非反复出现阴道的脓性分泌物，这种慢性宫颈炎，导致宫颈的柱状上皮外移严重，需要物理治疗。

3、外阴巴氏腺囊肿：囊肿如果越来越大，主张囊肿的剥除术，也就是需要做手术，否则会引起脓肿，疼痛非常厉害，急性疼痛也需要急诊手术。