无论是急性还是慢性鼻窦炎患者，鼻腔内部黏膜均充血、水肿，此时鼻咽拭子触碰到鼻咽或鼻腔黏膜容易出血。如进行鼻咽拭子检查，较多做完以后出血持续时间较长，所以此类患者不适合做鼻咽拭子。

如果鼻炎、鼻窦炎患者鼻腔或鼻咽部均有稀薄或其它性状分泌物，这种分泌物会导致鼻咽拭子检查结果不准确，出现误差。如果必须进行鼻咽拭子检查，可以用口咽拭子取代。