慢性咽炎反复发作的原因，一方面是由于病人抵抗力的下降，有慢性的疾病。另外，由于病人工作环境或者生活环境长期有空气污染或者粉尘，或者病人本身长期吸烟、喝酒等习惯，还有可能病人本身咽喉邻近器官有病变，如鼻炎、鼻窦炎，病人就会出现长期的咽炎，因为鼻炎、鼻窦炎有分泌物，长期倒流刺激咽喉炎症。
如果进行鼻内镜的检查，有鼻炎、鼻窦炎，要给予适当地治疗，例如鼻喷剂、激素类药物，进行喷鼻，以及给予鼻减充血剂，像麻黄素或达芬霖(盐酸羟甲唑啉喷雾剂)进行喷鼻，缓解鼻塞症状，控制鼻腔分泌物倒流，通常病人慢性咽炎的症状会完全根治。
另外有一部分人是由于胃肠道的疾病，比如胃酸反流，引起咽喉长期受到刺激，这时可以给予抑制胃酸的药物，如质子泵抑制剂、雷贝拉唑或奥美拉唑进行治疗。
