长期扁桃体发炎可以影响下呼吸道，可以引起支气管炎、肺炎。上、下呼吸道相交通，如果扁桃体长期发炎，炎症成分可以顺着黏膜、下咽，到达气管、支气管以及肺。而且长期慢性的扁桃体发炎，如果是β-溶血性链球菌引起，一定要引起重视，可能会引起心肌炎、风湿性心脏病、类风湿关节炎、急性肾小球肾炎以及各种皮肤病，如牛皮癣等。
因为β-溶血性链球菌，可以在血管内形成同型的抗体，抗原抗体的沉积物可以沉积在心内膜、肾脏、皮肤的结蹄组织内，从而引发相应的病症。所以如果扁桃体长期反复的发炎，单年发作超过7次、连续2年发作每年超过5次、连续3年发作每年超过3次，尤其是在查血以后，出现抗链球菌溶血素O的明显升高，建议要尽快行扁桃体切除术。
