剔除可疑过敏原是过敏性肠炎首选治疗方式。过敏性结肠炎属于结肠炎一种特殊类型，是食物蛋白过敏性胃肠炎综合征的一种表现，主要是由一种摄入外源性蛋白引起免疫介导反应，导致以直肠、结肠炎性改变为特征疾病。与常见感染性结肠炎不同，属于非感染性腹泻。因为过敏性结肠炎主要存在一种过敏原，所以剔除可疑过敏原是过敏性肠炎首选治疗方式。治疗食物过敏主要药物包括以下几种：
1、急性速发食物过敏反应应用肾上腺素药物；
2、针对黏膜保护和吸附剂的活性炭粉；
3、采用蛋白分解食物；
4、抗变态反应性药物，例如酮替芬等；
5、可以采用糖皮质激素拮抗变态反应；
6、严重患者可以采用免疫治疗，例如白三烯受体拮抗剂及脱敏治疗；
7、可以采用传统中西医结合治疗。
