试管婴儿和正常自然受孕出生的婴儿在基因突变方面没有明显差异，即正常受孕出生的婴儿可能出现基因突变，试管婴儿也会出现基因突变，试管婴儿不会增加基因突变的概率。目前文献报道试管婴儿出生后的缺陷或者其他疾病发病的风险，都和自然怀孕出生的婴儿发生概率一致。
其实基因突变是所有生物类都会存在，如受自然界影响，包括饮食、环境、作息，每个人都会有基因突变的情况，这是人类在繁衍过程中自然的过程，不是所有基因突变都存在问题，或者导致疾病。因此从生物学的角度上允许存在基因突变，只是部分基因突变可能增加发生某些疾病的概率，但自然受孕的婴儿和试管婴儿出现基因突变的概率没有显著性差异。
