肛周脓肿往往合并有肛瘘，肛瘘有内口，传统脓肿切开引流即可痊愈，但是对于肛周脓肿而言，由于有肛门内口，存在产生脓肿的原因，所以必须将内口妥善处理，使内口不再有细菌进入才能彻底治愈。

传统做法是先把肛周脓肿切开引流，待肛瘘瘘管非常明显时，给予第二次手术，彻底处理瘘管和内口处理。现在一般采用一次性根治，即对于肛周脓肿、肛瘘、内口一次性处理，处理以后效果非常理想。