鉴别两个疾病，通常是从临床表现和病因进行鉴别。首先是四环素牙，一个病因是母亲在妊娠期间长期或大量服用了四环素类的药物，或者学龄前的儿童7岁之前长期或大量服用四环素类药物，导致牙齿发育性改变。临床表现主要为牙本质染色，后期通过阳光照射会逐渐变成棕褐色、褐色，比较严重的情况下会有牙齿缺损，前牙比后牙稍微严重一些。
其次是氟斑牙，有地区流行性，通常生活在高氟区，主要针对7岁之前的学龄前儿童。牙齿也多表现为多颗牙齿出现白垩色斑块、白斑状或者斑块，有时候会有色素沉着；严重的情况下也会有凹陷、缺损的改变，还可能出现全身慢性氟中毒的表现，比如多关节病变。主要是通过病因和临床表现，对四环素牙和氟斑牙进行鉴别诊断，从而指导临床治疗。
