直肠B超有两个概念，一个是观察直肠的情况，叫做直肠B超。另一个是要将腔内B超放置在直肠内，观察直肠周围器官，叫做直肠超声。如果要观察直肠，可以通过憋尿的手段，很好地显示直肠的情况，也可以通过腔内超声，观察直肠有没有异常的回声，还有经直肠的腔内手段，诊断周围器官的情况，最常应用于前列腺、膀胱，甚至是输尿管下段。可以发现有没有前列腺的肿块，有没有膀胱内的占位，输尿管下段有没有异常的回声，都能很好地通过直肠B超检查出来。
另外，有一些不方便做阴道超声的患者，流血量很多，不适合做阴超声。或者是未婚、没有性生活的女性，想要看清楚子宫、附件，只有经过经直肠超声检查。直肠超声能很清晰地显示子宫和卵巢的情况，帮助临床医生诊断。直肠超声做的最多的是较年轻的女性，没有结过婚，要监测卵泡，可能有多囊卵巢综合征，卵巢大、卵泡非常多，又非常小，一般不会超过1cm。所以在经腹部的情况下，很难检查，而且很难数清楚卵泡的数目，所以经直肠的子宫附件检查是非常好的手段。