根尖囊肿一旦确诊，应通过外科手术方式去除病灶，否则病变会持续进展，导致进一步颌骨和牙齿损伤。对于根尖囊肿手术选择，要根据病变累及范围选择。如果根尖囊肿病变范围较小，可通过外科手术直接刮除病灶。在此过程中，首先需要将受累牙齿彻底根管治疗，否则刮除病灶可能由于病源存在而复发。
如果病变范围较大，累及多个牙位，甚至导致牙槽骨和颌骨大量骨质缺损，如果采用传统病灶完全刮除方式，缺失骨质恢复过程长，部分骨质可能难以完全恢复。可选择开窗手术，于病变部位打洞，让囊肿与口腔相通，通过每日冲洗保证囊腔清洁，囊腔逐渐缩小，直到可以通过简单手术刮除，甚至可以彻底消失。这种方式可以减少对牙齿和牙槽骨损失。综上所述，根尖囊肿一旦确诊，均应通过手术完成，可选择一次性刮治手术，也可选择开窗手术。
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