头部CT和磁共振均是颅脑检查常用方法，但原理不一样。

头颅CT是利用X射线进行头颅断层扫描后成像，观察目的主要是有无脑出血、有无骨折。磁共振是利用磁场和人体内氢质子发生共振成像，特点是对于软组织分辨率非常高。但也有自己的缺陷，对于金属置入物，比如心脏支架属于检查禁忌。还有部分患者有幽闭恐惧症，也不能做磁共振检查。

磁共振的优点是在于缺血性疾病、软组织疾病，比如脑血栓，尤其对于早期和超早期脑血栓在两个小时之内通过特殊成像序列可以早早发现。而CT优点是速度快，但对于软组织，尤其对超早期脑血栓作用较低。