跑步的时候脚踝疼痛，可能是因为软组织损伤或疲劳，也有可能是关节出现关节炎症，或关节囊内出现积液，具体如下：

1、急性损伤：可能是这一次跑步量比较大，或在疲劳时有小的损伤，身体没有太多明确的感觉，停下来或休息的时候会出现脚部的疼痛感，伴随肿胀，一般是相对急性的损伤。这时应该减少活动量，对肿胀部位进行冷敷，佩戴护踝进行保护，症状消退以后，可以继续参加跑步，但要注意跑步方式和跑步步频，以及配速和总体的跑步距离；

2、旧伤复发：可能本身脚踝既往有问题，如踝关节既往有损伤、扭伤，或既往有软骨损伤。如果既往有旧伤，则跑步就不要太剧烈，时间也不要太长，因为在既往有损伤的情况下，跑步可能会使旧伤加重。如果非常热爱跑步，可以调整跑步方式和姿态，同样需要佩戴护踝，来对踝关节进行保护。