肺结核可以通过临床诊断，如通过影像学、病人有密切接触史，可以做临床诊断，通过药物治疗之后，跟预期治疗判断差不多，达到临床诊断的办法。确诊一定要找到病原菌，常规要求做痰涂片抗酸染色，如果找到结核菌便可以确诊。病人痰比较少或不太喜欢咳痰，可通过雾化吸入高渗生理盐水，让病人咳痰，由于高渗刺激到痰液分布相对比较多一点，病人咳痰去送检抗酸染色可以找到阳性分泌物。
如果病人痰量比较少，干脆就做气管镜，去取病灶局部分泌物，甚至去做抗酸染色，或组织切片中抗酸染色，找到结核菌就可以确诊。现在可以用基因测序的办法，阳性也可以确诊，或NGS即血红基因测序找到结核序列数也可以确诊。
