幽门螺杆菌会有假阳性，与检查手段有关。幽门螺杆菌大概有4-5种是无创检查，有3-4种是有创检查，分为金标准和普通检查。

其中无创检查包括出血的幽门螺杆菌抗体，以及吹气的碳13、碳14，以及粪便的抗原检查。而有创就是通过胃里活检、胃黏膜活检，以及有快速的尿素酶实验，以及病理的特殊检查，包括培养、 PCR的检查。

因为各种检查手段都有一定的假阳性几率，此种几率不高，所以虽然有7-8种金标准的检查方式，但是每个患者并非所有的检测都检测到，通常诊断标准只要有一种检测方式是阳性，即确诊是阳性。

此外，假阳性可能与患者之前服药或特殊饮食有关。此比值要根据患者检查的方法分析，但几率并不高，所以现在通行的碳13或碳14假阳性几率较低，多数都是假阴性的几率。如果是阳性基本上就确定是有菌，正常人口腔里也有幽门螺杆菌的定植，所以与做吹气试验时呼气及原料有关。