巧克力囊肿属于卵巢型的子宫内膜异位症，如果是发病很久的巧克力囊肿，确实会增加不孕症的风险，但并不意味着所有巧克力囊肿即卵巢型子宫内膜异位症患者都会不孕不育。

在疾病的早期阶段，许多女性卵巢仍能正常排卵，能够被输卵管所捡拾。通过输卵管的蠕动，让精子、卵子相遇，继而形成受精卵，并且滚动到宫腔内发生着床，从而正常怀孕。所以并不是所有的子宫内膜异位症或者卵巢型子宫内膜异位症，一定会发生不孕。

不过随着子宫内膜异位症的不断进展，不孕的风险确实会逐渐增大。因为到了卵巢之后的子宫内膜，仍然随着卵巢周期性雌孕激素的变化，发生周期性剥脱出血。与正常的子宫内膜剥脱形成的月经不同，异位在卵巢的子宫内膜出血无法从宫颈阴道排出，从而在卵巢内形成越来越大的囊肿。

而且囊肿在生长过程中可能自发破裂，存在陈旧性血液的流出。由于陈旧性血液的性质较为粘稠，而且存在子宫内膜的脱落细胞，因此与周围脏器形成越来越致密的粘连，如子宫后壁、盆腔腹膜、大网膜、肠系膜、输卵管、输卵管系膜和阔韧带等，进而影响卵巢的正常排卵。

在由于卵泡发育成熟之后，也没有办法破裂排出，就没有办法让精子和卵子相遇。而且由于严重的粘连，导致输卵管的蠕动障碍，造成输卵管伞端拾卵的障碍。

综上所述，在有子宫内膜异位症囊肿的状态下，随着子宫内膜异位症的进展，确实会显著增加不孕症的风险。因此对于年轻育龄女性，发生了卵巢型子宫内膜异位症，一定要尽早完成妊娠和分娩，以免因疾病进展而导致未来出现不孕症。