肝胆管结石具体引起的原因，主要是胆汁中的成分比例失调，从而引起相应的物质析出结晶，形成结石的核心并逐渐地增大演变成结石，可以分为胆固醇性结石、胆色素性结石以及混合性结石。

1、胆固醇性结石：主要是胆汁中的胆固醇与胆汁酸比例失调、胆固醇含量过高，这种情况下会析出结晶，从而逐步形成胆固醇性的结石，常与饮食因素有关。如长期的高脂肪、高胆固醇的饮食、肥胖、高血脂、糖尿病等，也包括一些胆汁淤积因素，从而形成胆固醇性的结石，以胆囊结石较为多见；

2、胆色素性结石：主要因为胆汁中的胆红素含量过高，形成胆红素钙的饱和并形成相应的结石核心，从而导致结石的生成，常与胆道感染、胆汁淤积、胆道梗阻相关。这种情况下常见胆道感染后的炎症或者胆汁淤积、胆道蛔虫、胆道狭窄等原因导致的结石，针对这些结石需要根据具体的情况具体分析，如果出现相应的急性症状，需要紧急地给予消炎、对症的处理。

此外这些结石也是引起胆管炎、胆囊炎反复发作的重要诱因，要针对这些结石进行根治性的治疗，才能有效地控制胆道感染的发生，避免形成恶性循环。即胆道感染导致胆汁淤积、胆道结石，而胆道结石又加重胆道感染，所以最终需要靠手术来打破循环，达到根治的效果。