乙型肝炎的治愈率可能并不高，但通常可得到很大程度的控制。极少数患者确实被治愈部分甚至是自发自愈，在没有看过医生的情况下，病毒就全部被完全清除。还可能通过积极的抗病毒药物治疗后，少数患者可完全根除乙肝病毒，但大部分是处在控制的范围内，使病毒不对机体产生损害的范围。
机体内感染乙肝病毒后，在肝细胞的遗传物质内进行整合，利用肝细胞材料进行自我复制。体内白细胞若识别到病毒会攻击肝细胞，在破坏、杀灭病毒的同时肝细胞也被杀灭，从而产生肝功能的损伤。但有时虽然存在病毒，但体内白细胞并未识别也就相安无事。病毒在体内复制较高且具有传染性，但白细胞不攻击病毒，肝功能也不会受到损伤。因此对于乙肝的患者，主要通过药物将病毒的复制降下来，体内乙肝病毒非常低的情况下，既没有传染性同时肝功能也不会受到损伤。
