导致女性不来月经的最常见疾病是生殖内分泌疾病，其中包括多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、席汉氏综合征。女性处于绝经过渡期，即更年期综合征，也会由于卵巢功能衰退，雌激素水平低下，导致不来月经。
其中多囊卵巢综合征是年轻女性不来月经的最常见的病因，临床表现出现女性体重增加、肥胖、多毛、面部痤疮等，导致女性排卵受到抑制。高雄激素血症会出现多毛、痤疮的现象，其中卵巢功能衰退，没有排卵是导致女性不孕症的原因。
多囊卵巢综合征的远期并发症还可能与高血脂、高血糖以及高血压等代谢性疾病有一定关系，所以对于多囊卵巢综合征一旦发现要积极治疗。
席汉氏综合征是由于产后大量出血引起脑垂体缺血的疾病，造成闭经和不孕，而绝经过渡期的女性是由于卵巢功能衰退导致不来月经。
