无痛胃镜麻醉时间较短，麻醉药起效快，代谢快，作用为一过性的，一般不会对患者的身体造成太大的危害，只是让患者从清醒状态进入到比较深的睡眠状态。也就是在门诊做无痛胃镜检查时，与常规在手术之间进行的麻醉状态还是有所不同。麻醉状态会让病人的睡眠深度更深，达到麻醉的深度。但是在门诊的时候，使用的镇静药物使用量会较少，只需要让患者进行入睡的状态就可以，所以相对于麻醉更安全。
在使用麻醉药物让患者进行睡眠的状态就可以耐受胃镜的检查，因此是相对较安全的一种麻醉方式。无痛胃镜检查和普通胃镜检查一样，医生操作和检查的方式一样，不会由于麻醉状态在患者没有知觉的状况下进行操作，而导致患者所担心的可能会受伤，可能会出现胃穿孔等状况。当然，无痛胃镜在实施前，一般会需要麻醉医生做麻醉前的评估，某些患者是不适合做无痛胃镜，风险会比较高，比如呕血的患者，重度呼吸功能障碍的患者，心功能不全的患者等。
