肝胆外科主要看的疾病是指需要通过外科手术治疗的肝脏、胆道、胰腺疾病等，需要外科手术干预的肝脏疾病包括原发性肝癌、转移性肝癌、肝内胆管结石、较大的肝囊肿、肝血管瘤、肝腺瘤。胆道系统疾病则包括胆囊结石、肝内外胆管结石、胆管癌等，胰腺疾病包括需要外科干预的重症胰腺炎、胰腺囊性占位、胰腺癌等。
另外像肝硬化合并的门静脉高压症引起的食管-胃底静脉曲张破裂出血，必要时也需要外科医生进行手术干预。而外伤性的疾病像肝脏外伤、腹部外伤，累及到肝、胆、胰腺等，也需要肝胆外科医生来参与救治，还有某些先天性的疾病，像先天性胆道闭锁、先天性胆总管囊肿，或者是某些难以和良性疾病相鉴别的像肿块型胰腺炎，或者是某些原因不明的腹腔内的占位，有时也需要肝胆外科医生来参与手术治疗。
