移植两个囊胚的成功率非常高，如果在遗传上没有问题，两个囊胚均获得成功的几率非常高，所以怀双胞胎的概率也相对比较大。
目前在国际上和国内都推崇单囊胚移植，双胎被认为是做试管婴儿可能会出现的合并症，就是将来在产科时比单胎的风险多很多，比如出现妊娠期糖尿病、妊娠期高血压疾病，两个胎儿在挤在一个子宫内，出现早产、流产的风险也比单胎大。
所以，目前不推荐两个胚胎、两个囊胚移植，推荐单囊胚移植。
如果囊胚有分裂的问题，移植两个囊胚时，如果有一个囊胚如果自我分裂，很有可能形成三胎。出现三胎一定要减胎，通常会选择单卵双胎，就是将自我分裂的胚胎去除。两个囊胚移植后出现三胎的风险，也比两个卵裂球出现三胎的风险大，所以不建议移两个囊胚。
