角膜是结缔组织，角膜分五层，最上面的一层是角膜上皮层，挨着上皮层是前弹力层，中间是基质层，第四层是后弹力层，最内层是内皮层。角膜基质炎是在角膜中间第三层角膜基质发生的炎症，称为角膜基质炎。角膜基质炎病因有很多种，有部分全身疾病，全身有梅毒的患者也会发生角膜基质炎。艾滋病患者也会发生角膜基质炎，这是全身疾病在眼部、基质下的表现。单纯疱疹性病毒性也会导致角膜基质炎，全身免疫性疾病在眼部的表现统称角膜基质炎。炎症反应局限在角膜基质层，引起角膜基质层炎症反应则称为角膜基质炎。