扁桃体是全身淋巴系统的一部分、是咽淋巴环的一部分，有一定的免疫功能。但是也要看扁桃体是不是能发挥正常的功能，比如有的人因为扁桃体反复发炎而形成持续存在的慢性扁桃体炎。
慢性扁桃体炎会导致咽喉有异物感、堵塞感，甚至因为扁桃体肥大而导致呼吸堵塞、说话有含糊音、吞咽不顺畅、吞咽阻挡感等。如果有这些情况，则需要考虑手术切除，切除之后来解除因为慢性扁桃体炎的存在而引起来的相关不良影响。
扁桃体虽然属于淋巴系统的一部分，但是全身淋巴组织还有很多，所以切除扁桃体对于身体没有太大的影响，也不至于导致淋巴的免疫能力下降。民间认为切除扁桃体之后会降低身体免疫力，其实是错误的说法。
实际上如果是扁桃体达到了手术适应证，则切除扁桃体后，一般只能增强身体免疫力，而不会降低身体的免疫力，所以这个情况一般不必担心。
