肛瘘目前没有药物可以治疗，有效手段是手术。肛瘘内口位于肛窦，直肠内的污染物、粪便、气体从内口进入管腔以后由外口流出，但是瘘管位于肛门括约肌之间。肛门括约肌的反复收缩舒张，对瘘管产生一定压迫，影响脓液排出，容易引起急性感染。

脓液排除以后，管腔会形成慢性肉芽性管道，药物很难达到局部发挥作用，所以目前没有药物可以治疗肛瘘，而且肛瘘长期、反复、炎性刺激，会发生急性感染，形成高位复杂肛瘘，增加手术难度和对肛门功能损伤，所以肛瘘还是建议手术。