不管任何手术，手术后都会有一定的复发几率。鳃裂瘘管的手术术后复发的几率，要根据本身鳃裂瘘的位置、手术中鳃裂瘘管的大小、长的范围决定。
一般鳃裂瘘如果要是长得比较表浅，和深部的组织不是很密切，一般很容易切除干净。但是如果要是长的位置比较深，有时可能会和腮腺的关系比较密切，甚至和颈部大血管的关系比较密切。在手术中可能为了避免严重并发症的出现，有时可能会有少许的残留，但这种少许的残留大多数不大会复发。
如果要是位置比较深在，和重要的血管、神经、器官结合比较紧密，这时医生可能会面临着取舍的问题。如果要是做得很干净，可能损伤机会就非常大。因为有些鳃裂瘘管，特别是反复长期发炎，可能会和神经、血管粘连得非常严重。
如果要是正常的情况，就是和周围组织界限比较清晰，没有特别严重的反复感染，手术中没有非常严重的粘连，一般医生都会彻底将鳃裂瘘管或者形成的鳃裂囊肿切除。
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