院内感染常见的致病菌包括细菌、病毒以及真菌等。细菌感染是院内感染中较为常见的致病菌，包括大肠杆菌、沙门菌、绿脓杆菌、鲍曼不动杆菌以及肺炎克雷伯菌等。导致院内感染的常见病毒包括肝炎病毒、呼吸道合胞病毒、肠道病毒、轮状病毒以及诺如病毒等。真菌感染中常见致病菌为毛霉菌、念珠菌、曲霉菌等，其中以念珠菌的真菌感染较为常见。
院内感染指患者在住院期间发生的感染，住院前已经处于潜伏期但在住院后发病的感染则不属于院内感染。对于院内感染的细菌或病毒，治疗较为困难，并且细菌经常存在耐药性，所以需进行细菌的培养加药敏试验，根据药敏的结果选择敏感的抗生素进行治疗，从而取得较好的效果。
