本身智齿肿痛，绝大部分也是智齿周围的牙龈肿痛。
因为很多智齿没有完全萌出，若萌出倾斜，只有一小部分牙冠露出，大部分牙冠还被牙龈所包裹。牙龈与牙之间会出现盲袋，盲袋里的食物残渣容易存留，细菌也容易在其中滋生，尤其是厌氧菌滋生，会造成牙龈肿痛。所以，绝大部分智齿的疼痛就是智齿的牙龈疼痛，而不是智齿自己疼痛。
如果智齿里的神经疼痛，除非智齿发生龋坏，如长时间食物嵌塞，造成智齿的颌面或者邻面龋坏成龋齿。龋齿越来越深，甚至侵犯到牙神经，造成智齿神经发炎，才是智齿自己的神经疼痛。
但绝大部分的智齿肿痛都是智齿冠周炎，是冠周的牙龈发炎、肿痛。所以也不用非得区分智齿肿痛，因为大部分就是牙龈肿痛。只有少部分情况是智齿发生龋坏，随后造成牙髓炎。但无论是反复肿痛，还是出现牙髓炎，将其拔掉都是很好的方法。
