上呼吸道包括鼻腔、咽腔和喉，上呼吸道感染实际上已经包括了咽和喉的感染，通常咽喉炎与上呼吸道感染没有截然的区分。
理论上上呼吸道还包括鼻腔，因此如果是从鼻腔到喉的整个上呼吸道感染，则会与咽喉炎有一定的区别。而一般只发生了咽喉部炎症，尤其是感染性炎症，与上呼吸道感染没有明显的区别。
除此之外，咽喉炎还可以是非感染性炎症。部分慢性咽喉炎都不是由于感染性疾病所引起，与普通的上呼吸道感染会出现不同。
慢性咽喉炎急性发作，或者是慢性咽喉炎所引起的炎症通常是无菌性，病人没有明显发热、流鼻涕、打喷嚏的症状，而呼吸道感染时会出现以上症状。
除此之外，一般的咽喉炎也不会出现明显的白细胞升高现象，而在上呼吸道感染时，尤其是细菌感染时，则血常规里会出现白细胞升高的改变。
