扁桃体肿大如果临床上决定要做手术，就是将扁桃体切除。扁桃体肿大在儿童时期一般是生理性的肥大，在10-14岁左右扁桃体会逐渐萎缩。
部分患者扁桃体比较大，可能会影响咽腔的狭窄。如扁桃体呈Ⅲ度肥大，咽腔狭窄，患者睡觉时可能会出现气流受阻，引起打呼噜，尤其是在打呼噜的过程中有暂停，引起睡眠呼吸暂停综合征，需要将扁桃体切除。
如果扁桃体反复的急性炎症导致了慢性的扁桃体炎，患者经常会每年发作扁桃体炎3-5次，连续2-3年，也需要将扁桃体切除。还有一些患者长期的低热，发现是因为扁桃体的慢性炎症导致，或者是慢性扁桃体炎导致了一些远期的并发症，比如风湿性的关节炎、风湿性心脏病或者肾炎等，都需要将扁桃体切除。
