单独根据甲胎蛋白数据很难判断是否为肝癌，如果甲胎蛋白高到4000ng/ml，应该高度怀疑肝癌。按照标准如果甲胎蛋白＞400ng/ml时，要做强化CT检查，如果影像学发现占位，可以诊断是肝癌。如果影像学没有发现占位，甲胎蛋白超过400ng/ml持续8周以上，也可以临床诊断是肝癌，要除外妊娠、慢性活动性乙型肝炎、胚胎生殖源性恶性肿瘤。因为在这三种情况下，甲胎蛋白也可以升高。除外这三种情况，甲胎蛋白异常升高＞400ng/ml时，要高度怀疑患者患有肝癌，建议马上行影像学各种检查。
临床中还有一种情况，是甲胎蛋白还没有达400ng/ml，但高过正常值，对于这样的病人，要判断有没有乙型肝炎，如果有乙型肝炎，需要立刻进行影像学检查来除外是否为肝癌。因为甲胎蛋白＞400ng/ml仅占20%-30%的患者，还有大多数肝癌患者甲胎蛋白并不升高。
