肾脏囊肿穿刺手术是治疗肾脏囊肿的不尽传统或者相对古老的方法，不需要住院，一般在门诊手术即可。常规是在B超引导下，确认肾脏囊肿最为宽广的部位，以及经皮穿刺最易到达的部位。

局部麻醉后用细长的针管，经皮穿刺至肾脏囊肿的部位，将囊肿液彻底吸出，然后用无水酒精进行灌注，灌注之后，保留几分钟即可全部抽出。这种手术的优点是创伤小、不需要住院，费用也比较低，缺点是复发率较高。

因为此手术只是取一个很小的穿刺点，这个穿刺点很容易再封闭。另外用无水酒精、碘伏这一类的消毒，或者高渗的液体灌注时，也只是期望能够杀死肾脏囊肿表面有分泌功能的上皮。

但事实上针对较大体积的肾脏囊肿，采取肾脏囊肿穿刺手术，也很难取得满意的疗效。因此目前临床上越来越少用肾脏囊肿的穿刺手术，更多的是采用腹腔镜微创手术的方法，将肾脏囊肿突出肾外的部分完全切除。

这样一方面即使产生了囊液，也可以在肾周围得到充分吸收；另一方面复发率降低得非常明显，很少有患者会在术后复发。