肛瘘做手术不疼。因为手术需要麻醉，麻醉可以分全身麻醉、腰麻、骶管麻醉、局部麻醉。如果是比较简单的肛瘘可以选择局部麻醉，在注射麻醉剂时候，麻药还没有起效时会疼痛，这种一般适合简单的肛瘘，病人的耐受力又比较好，则可以采用局麻。
骶管麻醉和腰麻效果也比较好。有的病人很恐惧手术，而且病情又比较严重。可以采用全身麻醉，在病人已经麻醉的情况下完成。但是术后麻醉过后，手术创面还是会疼痛，这时候需要用止痛药物。术后的疼痛一般能持续1周左右。
最疼痛的时候就是大便刺激创面，医生给患者清创、换药时疼痛比较明显，可以配合西药的止痛药，中药坐浴、理疗，都可以缓解疼痛，无需过于恐惧，医生都有办法解决。但是疼痛的程度也跟个人的痛阈有关系，有的人对疼痛耐受力很强，感觉不是很疼痛，而有的人就感觉到剧烈疼痛。
