胃镜检查会有异物及恶心感出现，若操作不当亦可能出现咽喉部出血。胃镜需要应用一根长管插入咽喉进入胃部，会引起异物感，配合较好时，可以将不适感降到最低。一般要求被检查者咬住牙垫，进行深吸气与深呼气，慢慢呼吸并不要吞咽口水，让口水流出，因为每次吞咽动作均会引起恶心反应，这时一部分胃会进入食管裂孔上方，甚至出现糜烂、渗血，部分患者还可能被长管磨破咽喉，引起出血，一定要注意配合。

绝大部分人在清醒时可以耐受胃镜，部分年轻女性，可能由于较紧张，情绪易激动，难以耐受胃镜检查，因此建议做无痛检查。老年人咽反射迟钝，可能做胃镜检查无特殊反应，较为从容，但这时需要警惕其麻醉风险高，建议进行清醒胃镜检查。内脏对切割、牵拉引起的疼痛敏感性较低，因此胃镜检查一般不会疼痛，多为恶心感觉，但其对胃胀有一定反应，不过也不需恐慌，胃镜结束后会将气体吸出。