根除幽门螺杆菌通常选择四联疗法，包括PPI制剂，加铋剂，加两种抗生素。PPI制剂以奥美拉唑为代表，铋剂以枸橼酸铋钾为代表。
而两种抗生素的选择，如果青霉素皮试阴性，可以选择阿莫西林加克拉霉素，如果青霉素皮试阳性，需要选择左氧氟沙星加克拉霉素，以上四种药物，能够得到很高的根除率。目前随着抗生素普及应用，耐药性逐渐增多，也可以选择四环素加呋喃唑酮，这种新的四联疗法，能够得到更高的根除率。
幽门螺杆菌是胃癌的一类致癌原，和胃炎、消化性溃疡、MALT淋巴瘤、胃癌相关。所以如果检测到幽门螺杆菌阳性，通常需要采取根除幽门螺杆菌的治疗，幽门螺杆菌引起以上疾病，通常会引起相应临床表现，会出现腹痛、恶心、呕吐、反酸、烧心等症状，如果出现以上症状，需要进行内镜检查确定疾病，从而根据疾病选择相应治疗。
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