免疫组化应用非常多，最主要的作用在癌症中，有90％以上的癌症可以通过免疫组化的方法得到比较明确的诊断，并且可以指导癌症的治疗。但是免疫组化的应用并不仅仅是癌，从广义来说，免疫组化还可以用在非常多的应用当中，具体如下：
1、帮助判断肿瘤是良性还是恶性，即是不是癌；
2、在淋巴结中看到有癌组织，能判断癌症来源。可以帮助判断来源于肺癌，还是来源于结肠癌；
3、能够具体分型诊断，比如淋巴瘤是比较大的称呼，有非常多的亚型，要知道哪种亚型需要免疫组化支持诊断；
4、帮助判断微小的癌转移，微小癌组织用眼睛很难看到，免疫组化可以通过特殊方法勾勒出几个细胞；
5、可以帮助进行进一步治疗指导，比如乳腺癌，可以通过ER、PR、Her-2的免疫组化方法知道激素含量指导该不该用内分泌治疗，或者该不该用赫赛汀靶向治疗。
