闭经的危害较小，因为不存在经期失血对女性较有利，但导致闭经的疾病可能存在危害。闭经可能与卵巢功能早衰相关，若卵巢功能过早衰竭，会导致骨质疏松，甚至严重骨质疏松的发生。闭经还可能与多囊卵巢综合征相关，由于患者不存在排卵，会造成雌激素持续刺激，从而增加乳腺肿瘤及子宫内膜肿瘤发生的风险。所以闭经本身不存在危害，但患者需查找原因，导致闭经的不同原因存在不同的潜在危害。
若女性出现闭经的症状，应检查性激素六项及甲状腺功能以排除多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺功能异常、卵巢功能早衰等特异性内分泌疾病。上述特异性内分泌疾病存在各自的激素表达特点，需作出鉴别并进行处理。若未及时进行处理，可能会对身体造成危害。若女性四十岁前发生闭经且卵泡刺激素水平较高，考虑为卵巢功能早衰，需及时补充雌孕激素，以预防严重骨质疏松。
