通常认为乙型肝炎病毒属于一种慢性的、长期感染的病毒，目前还没有特效药能彻底清除乙肝病毒的感染，与丙型肝炎病毒不同，目前丙肝的治疗有特效药，一般疗程是3-5个月，多数患者即可根除。乙型肝炎病毒抗病毒药物还没有突破，但目前临床所用的药，包括核苷类似物、核苷酸类似物，都可以控制乙肝病毒，但仅是控制病毒复制，并不能让乙肝的表面抗原阴转。所以慢性乙型肝炎病毒感染的患者需要长期治疗，具体要治疗多长时间因人而异。
如果患者治疗几年后，不但DNA转阴，而且表面抗原也发生阴转，甚至出现表面抗体的阳性，抗病毒治疗即可暂告一段落。但前提条件是仍密切监测、定期复查，因为部分患者虽然表面抗原阴转，停抗病毒药若干长的时间之后，表面抗原还有再次复阳的可能。所以慢性乙型肝炎病毒的抗病毒治疗，通常认为是长期的抗病毒治疗，并且在抗病毒治疗的过程中要定期复查，每3-4个月查1次，查病毒定量、乙肝5项、查肝功以及肝脏B超，随访对于患者较为重要。
