E6E7阴性在进行宫颈癌筛查时，仍然建议进行高危亚型HPV检测。

人乳头瘤病毒在感染一段时间之后，可能已经与宿主细胞发生了基因整合，这个时候会有一些早期转录蛋白产生，此时会检测到E6E7阴性。不过即使检测E6E7阴性，也不一定代表没有发生高危型人乳头瘤病毒感染，很可能刚刚只出现了HPV感染，还没有达到让E6E7蛋白产生的地步，所以在早期感染的时候有可能查不到E6E7阳性。简言之，E6E7一般是感染了一段之后出现的一个产物。

为了安全起见，进行宫颈癌筛查时，实际上更侧重于高危亚型人乳头瘤病毒分型的检测，进行分型检测后能够知道到底有没有HPV感染。通过这样的检测方法，第一能够知道是否感染，第二能够知道感染的亚型，需要根据宫颈液基细胞学结果，或者根据高危亚型感染阳性的不同亚型作出诊断，比如16、18亚型。无论宫颈以及细胞学检查结果如何，应该进行阴道镜下活检，不用考虑E6E7是阳性，还是阴性。