小孩阴茎短小的原因要看小孩的阴茎短小是真的小，还是假的小。具体如下：

1、真的小：就是用手触摸小孩的阴茎体时，会发现阴茎体非常短小、纤细、发育不良，小孩的阴茎可能是一种小阴茎的情况。如果小孩出现小阴茎，可能还需要求助于小儿内分泌科的医生来进行诊断处理，可能需要查性激素、头颅或垂体的磁共振来排除垂体发育不良以及性激素分泌不足的情况；

2、假的小：就是小孩阴茎体发育正常，大部分埋藏于皮下，此种情况是一种隐匿阴茎，用手触摸小孩的阴茎体可以发现阴茎体大小正常，但是大部分埋藏于皮下，用手推挤包皮会发现包皮呈螺丝样，或宝塔样堆积于阴茎前端，用手推挤后，可以在包皮下方触摸到正常的阴茎体。

做此种手术，小孩的年龄要放到3-6岁，3岁以后到青春期前，小孩阴茎体基本上发育定型，到青春期以后继续发育。到6岁以后小孩要过群体生活，如果阴茎短小，会给小孩的生理以及心理造成影响。所以在此之前要进行手术校正，避免对小孩的心理以及生理造成伤害。