巧克力囊肿并非根治，而是可以有效祛除病灶、控制复发。通过用药、妊娠或其他方法，达到防止巧克力囊肿复发的目的即可。临床上并非所有巧克力囊肿均会复发，通常因人而异，具体治疗如下：

1、囊肿剥除术：巧克力囊肿为子宫内膜异位性的疾病，在予以巧克力囊肿剥除之后，可能会有复发；

2、妊娠：在预防复发角度上，通常提倡早生育，在孕期能够让子宫内膜异位病灶出现萎缩改变，预防反复发作；

3、避孕药：如果短时间内无孕育需求需避孕时，可应用避孕药物，以减少卵巢排卵，对于防止巧克力囊肿复发有一定效果；

4、其他：较严重的子宫内膜异位症，还可应用孕三烯酮、达那唑或GnRHa，通过假绝经疗法抑制卵巢功能，可减少巧克力囊肿复发比例。

巧克力囊肿为卵巢子宫内膜异位囊肿，由于子宫内膜易异位在卵巢部位，导致月经期子宫内膜剥脱出血时，异位到卵巢内部的活性子宫内膜也能剥脱出去，久而久之出血无办法引流时，将会形成囊肿。由于囊肿水分被吸收，将会有较多铁元素沉积，囊肿逐渐黏稠、颜色逐渐加深，逐渐形成如巧克力样的液体。